Työterveyslaitoksessa on kuusi osaamiskeskusta:
Tiimien perustehtävänä on hyvin määritellyn työelämän ongelman ratkominen tai työterveyden ja turvallisuuden kehittämisen kannalta keskeisen asiakasryhmän palveleminen. Lisäksi alueellisissa toimipisteissä toimivat tiimit vastaavat siitä, että asiakkaat kautta Suomen voivat saada työterveyden ja turvallisuuden kehittämispalveluja.
Teema-alueiden tavoitteena on tuottaa sosiaalisia innovaatioita suomalaisen työelämän tarpeisiin. Keskeisiä teema-alueen tehtäviä ovat innovaatioiden tieteellisen perustan luominen, niiden työelämään viemisen suunnittelu ja yhteistyökumppaneiden tukeminen innovaatioiden levittämisessä.
Toimintaohjelmiensa avulla Työterveyslaitos pyrkii ratkaisemaan ajankohtaisia ja suomalaisen työelämän kannalta keskeisiä ongelmia. Samalla toimintaohjelmat pyrkivät ennakoimaan ja ehkäisemään uusia ongelmia.
Kärkitutkimusyksiköt tekevät hyvin kohdennetuilla alueilla huipputason kansainvälistä tutkimusta, jonka tavoitteena on tuottaa tieteellisiä innovaatioita. Samalla kärkitutkimusyksiköt luovat kansainvälisessä tiedemaailmassa kumppanuuksia, kanavia ja mielikuvia, jotka tukevat koko Työterveyslaitoksen toimintaa.