Materiaalinäytteiden mikrobimääritykset – viljely vai qPCR?

Materiaalinäytteiden mikrobimäärityksiä voidaan tehdä

• suoraviljelyllä
• laimennusviljelyllä
• kvantitatiivisella PCR:llä (qPCR)

Suoraviljelyssä tuloksena saadaan lajisto sekä mikrobien suuntaa antava määrä runsaussuhdeasteikolla.

Laimennusviljelyllä saadaan selville näytteen lajisto ja määrä yksikössä pmy/g näytemateriaalia.

Kaikki kolme menetelmää ovat laboratoriossamme akkreditoituja ja Ruokaviraston (ent. Eviran) hyväksymiä menetelmiä. Viljelymenetelmät edellyttävät mikrobien elinkykyä, eli vain käytetyissä olosuhteissa kasvavat mikrobit pystytään havaitsemaan.

Myös qPCR on Ruokaviraston hyväksymä

Kvantitatiivinen polymeraasiketjureaktiomenetelmä (qPCR) perustuu näytteessä olevan DNA:n määrän mittaamiseen eikä edellytä mikrobien elinkykyä. qPCR:n avulla pystytään mittaamaan myös sellaisten mikrobien määrä, joita ei viljelyllä välttämättä pystytä havaitsemaan.

Laboratoriomme käyttämässä analyysissä tulokseksi saadaan kaikkien homeiden ja hiivojen määrä, Aspergillus- ja Penicillium-homesukujen edustajien sekä Paecilomyces variotii-lajin määrä sekä Streptomyces (sädesieni) –bakteerisuvun edustajien määrä yksikössä soluekvivalenttia/g.

Menetelmän luotettavuuden osoituksena qPCR-analyysillämme on FINAS-akkderitointipalvelun myöntämä akkreditointi sekä Ruokaviraston hyväksyntä asumisterveystutkimuksiin.

qPCR:n vastaavuutta viljelymenetelmiin on tutkittu laboratoriossamme (Ahonen ym., 2016) ja olemme määrittäneet pitoisuusrajat, joiden perusteella teemme qPCR-tulokselle tulkinnan. Aineistossamme qPCR:n avulla havaittiin erittäin hyvin viljelyllä vaurioituneiksi todetut näytteet. Koska qPCR:llä havaitaan myös kuolleet mikrobit, materiaali tulkitaan useammin vaurioituneeksi qPCR-menetelmällä kuin laimennusviljelyllä.

Kaikki kolme menetelmää on akkreditoitu ja soveltuvat luotettavasti materiaalinäytteiden analysointiin!

qPCR on analyysinä nopeampi kuin viljelymenetelmät ja vastausaika on tyypillisesti alle viikko. Jos näytteestä halutaan saada lajisto selville (kosteusvaurioindikaattorit), suosittelemme qPCR:n rinnalle viljelyä. Tällöin näytteen mikrobien määrä sekä näytteestä tehtävä tulkinta saadaan nopeasti selville ja viljelyn tuoma lajistotieto täydentyy myöhemmin.

Näyte qPCR-analyysiin otetaan samalla tavalla kuin viljelynäytteet.

Työterveyslaitoksen laboratoriotoiminta on FINAS-akkreditointipalvelun akkreditoima testauslaboratorio T013, akkreditointivaatimus SFS-EN ISO/IEC 17025. Akkreditoituun pätevyysalueeseen sisältyvä toiminta on nähtävissä verkkosivuilta www.finas.fi

Lisää aiheesta

Ahonen V, Kirsi M, Hänninen M, Rautiala S, Laitinen S, Reiman M ja Pennanen S. 2016.
Rakennusmateriaalinäytteen mikrobimääritys qPCR- ja viljelymenetelmällä. Sisäilmastoseminaari 2016, SIY raportti 34, 275-277.