Materiaalinäytteiden mikrobimääritykset – viljely vai qPCR?

Suoraviljelyssä tuloksena saadaan lajisto sekä mikrobien suuntaa antava määrä + -asteikolla.

Laimennusviljelyllä saadaan selville näytteen lajisto ja määrä yksikössä pmy/g näytemateriaalia. Molemmat ovat laboratoriossamme akkreditoituja ja Ruokaviraston hyväksymiä menetelmiä. Viljelymenetelmät edellyttävät mikrobien elinkykyä, eli vain käytetyissä olosuhteissa kasvavat mikrobit pystytään havaitsemaan.

qPCR on luotettava ja nopea menetelmä

Kvantitatiivinen polymeraasiketjureaktiomenetelmä (qPCR) perustuu näytteessä olevan DNA:n määrän mittaamiseen eikä edellytä mikrobien elinkykyä. qPCR:n avulla pystytään mittaamaan myös sellaisten mikrobien määrä, joita ei viljelyllä välttämättä pystytä havaitsemaan. Laboratoriomme käyttämässä analyysissä tulokseksi saadaan kaikkien homeiden ja hiivojen määrä, Aspergillus- ja Penicillium-homesukujen edustajien sekä Paecilomyces variotii-lajin määrä sekä Streptomyces (sädesieni) –bakteerisuvun edustajien määrää yksikössä soluekvivalenttia/g.

Menetelmän luotettavuuden osoituksena qPCR-analyysillä on FINAS akkreditointipalvelun myöntämä akkreditointi. qPCR:n vastaavuutta viljelymenetelmiin on tutkittu laboratoriossamme ja olemme määrittäneet pitoisuusrajat, joiden perusteella teemme qPCR-tulokselle tulkinnan. Aineistossamme qPCR:n avulla havaittiin erittäin hyvin viljelyllä vaurioituneiksi todetut näytteet (Ahonen ym., 2016). Koska qPCR:llä havaitaan myös elinkyvyttömät mikrobit, materiaali tulkitaan useammin vaurioituneeksi qPCR-menetelmällä kuin laimennusviljelyllä.

Kaikki kolme menetelmää soveltuvat luotettavasti materiaalinäytteiden analysointiin. qPCR on analyysinä nopeampi kuin viljelymenetelmät ja vastausaika on tyypillisesti alle viikko. Jos näytteestä halutaan saada lajisto selville (kosteusvaurioindikaattorit), suosittelemme qPCR:n rinnalle viljelyä. Tällöin näytteen mikrobien määrä sekä näytteestä tehtävä tulkinta saadaan nopeasti selville ja viljelyn tuoma lajistotieto täydentyy myöhemmin.

Näyte qPCR-analyysiin otetaan samalla tavalla kuin viljelynäytteet. Analyysien hinnat löydät hinnastostamme. Akkreditoituun pätevyysalueeseen sisältyvä toiminta on nähtävissä verkkosivuilta www.finas.fi (Työterveyslaitoksen laboratoriotoiminta on FINAS-akkreditointipalvelun akkreditoima testauslaboratorio T013, akkreditointivaatimus SFS-EN ISO/IEC 17025).

Annamme mielellämme lisätietoja! Ota yhteyttä laboratorioon (mikrobilabra [at] ttl.fi) tai asiantuntijoihin: Maija Kirsi (Maija.Kirsi [at] ttl.fi, puh: 030 474 7024) tai Viivi Ahonen (Viivi.Ahonen [at] ttl.fi, puh: 030 474 7215).

Ahonen V, Kirsi M, Hänninen M, Rautiala S, Laitinen S, Reiman M ja Pennanen S. 2016. Rakennusmateriaalinäytteen mikrobimääritys qPCR- ja viljelymenetelmällä. Sisäilmastoseminaari 2016, SIY raportti 34, 275-277.